IDIM

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Imagerie dynamique en génomique

L'essor des biotechnologies rend possibles de multiples applications en génétique telles que la classification de profils d’expression de gènes, la génomique fonctionnelle, l’aide au diagnostic et au traitement médical. Ces applications reposent sur la synthèse de biopuces, la simulation des interactions biologiques, leur analyse et interprétation à l’aide d’un système de lecture optique tel que la fluorescence ou la résonance des plasmons de surface.

L'analyse des interactions ADN::ADN par ces technologies consiste à greffer des marqueurs sur les séquences ADN étudiées, les déposer sous forme de spots sur un support en verre (biopuces), faire interagir les séquences ADN marquées avec la séquence ADN cible (hybridation) et monitorer l’évolution de la réaction à l'aide d’un système de lecture optique en temps réel. Les images produites reflètent la quantité de matière de chaque spot ayant interagi avec la cible entre deux lectures successives. Quantifier l'hybridation de chaque spot nécessite une segmentation précise des spots sur ces images, malgré leur grande variabilité de forme, intensité et localisation spatiale.

Le projet IDIM, réalisé en collaboration avec le Centre de Génétique Moléculaire (CGM) d’Orsay, contribue au développement d’outils de segmentation automatique et d’analyse des spots dans les images dynamiques de biopuces.

Participants : Université Paris Sud - Centre de Génétique Moléculaire (CNRS UPR 2167)